用途：在开始撰写新论文或整理已有论文目录时，先让项目“可写”。目标不是生成模板，而是找到真正的稿件源文件、只创建对工作流有用的目录，并尽早锁定目标期刊与贡献定位。默认按 Nature 风格处理广影响力期刊工作，除非用户明确指定其他期刊。
主要能力：检查现有论文目录；识别活跃稿件源文件；归类贡献类型（方法、框架、基准、资源、生物学发现，或有明显主贡献的混合型）；锁定工作期刊风格并记录影响结构的差异；创建或复用轻量状态文件（notes/project_truth.md、notes/decision_log.md、notes/result_summary.md、notes/paper_handoff.md）；保存稳定项目记忆；最后输出启动摘要（活跃稿件文件、主贡献类型、期刊风格、缺失资产或未决问题、下一步修改建议）。
建议目录：input/ 存放外部材料与审稿意见；notes/ 存放工作笔记与状态文件；figures/ 存放源图与可编辑素材；output/doc/ 存放活跃稿件及导出稿；output/review/ 存放审计与投稿前检查。已有结构时保留原结构，不强行重建。
用法示例（仅作清理基线布局）：python ~/.agents/skills/paper-bootstrap/scripts/init_paper_layout.py path/to/paper。Claude Code 全局安装时把 ~/.agents/skills 换成 ~/.claude/skills；项目内安装换成 .claude/skills。
限制：不用于后期章节润色、稿件已稳定后的逐图逻辑修补、结构已定型后的会议模板转换。项目记忆只写稳定的本地事实，不写临时待办或单轮偏好。避免在未检查前先建目录、把一切当方法论文、留下多个活跃草稿而无唯一源文件等常见错误。其他收费、平台等资料暂未提供。