用途:通过 UniProt REST API 检索蛋白质条目、序列、功能注释和交叉引用,适合需要蛋白数据的查询场景,无需认证。
主要能力:支持 /uniprotkb/search 搜索条目、/uniprotkb/{accession} 获取单条、/uniprotkb/{accession}.fasta 下载序列,以及 /uniref/search、/uniparc/search。查询语法支持 gene_exact、organism_id、ec、go、keyword、reviewed、length、structure_3d、accession,可用 AND、OR、NOT 组合。
使用方式:基础地址 https://rest.uniprot.org。常用命令:curl -s "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/search?query=insulin+AND+organism_id:9606+AND+reviewed:true&format=json&size=5";curk -s "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P04637?format=json";curl -s "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P69905.fasta"。可用 format=tsv&fields=... 输出表格。分页用 size(最大 500)与 Link 头游标。
最佳实践:搜索 Swiss-Prot 时加 reviewed:true 避免 TrEMBL 噪声;常见物种 ID:human=9606、mouse=10090、rat=10116、E.coli=83333、yeast=559292。
限制:无 API key,但需注意速率限制,避免快速批量请求。数据完整性要求:不得凭训练数据编造结果,所有 ID、基因名、结构细节必须来自实际 API 响应;如无结果或出错,如实报告。