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string-database

数据与分析

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更新于 10-16 05:01

技能介绍

用途:该技能用于查询 STRING 蛋白质互作数据库,面向系统生物学与通路分析,可检索单个或多个蛋白的互作网络、做功能富集、发现互作伙伴并生成网络图。

主要能力:提供 Python 辅助函数(scripts/string_api.py)与参考文档(references/string_reference.md)。核心操作包括:标识符映射 string_map_ids(基因名/蛋白名转 STRING ID,需指定物种 NCBI taxon ID,如人类 9606);网络检索 string_network(返回互作对、置信度及各证据通道分数,可设 required_score 阈值 150/400/700/900,network_type 选 functional 或 physical,add_nodes 扩展节点);网络可视化 string_network_image(输出 PNG,network_flavor 可选 evidence、confidence、actions);互作伙伴 string_interaction_partners(limit 控制数量);功能富集 string_enrichment(覆盖 GO、KEGG、Pfam、InterPro、SMART、UniProt Keywords,采用 Fisher 精确检验与 Benjamini-Hochberg FDR 校正,FDR<0.05 视为显著);PPI 富集 string_ppi_enrichment(检验网络互作是否显著多于随机期望);同源分析 string_homology;版本查询 string_version。

使用方式:先调用 string_map_ids 映射标识符,再按需调用上述函数;建议优先使用 STRING ID(如 9606.ENSP00000269305),蛋白数超过 10 个时须指定物种,API 调用间隔约 1 秒,返回字符串以 "Error:" 开头表示出错。

适用场景:蛋白列表分析、单蛋白互作深挖、通路中心分析、跨物种比较、网络扩展与功能模块发现。

限制:具体收费、价格与平台支持情况暂未提供;置信度阈值需在召回率与精确率间权衡,低阈值假阳性多、高阈值假阴性多。