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数据与分析

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更新于 11-02 04:42

技能介绍

用途

该技能面向“从无机晶体结构预测声子性质”的任务,典型目标是预测声子态密度最后一个峰的频率。

输入与输出

输入包括:

  • 结构:{formula, lattice(3x3 行向量,单位埃), species, frac_coords};
  • 带标签的训练结构,目标值单位为 cm^-1;
  • 待预测的结构。

交付物为按输入顺序排列的一维浮点数组,每个结构一个值,单位为 cm^-1。若某工具返回 THz,需显式换算(1 THz = 33.356 cm^-1)。

质量指标

以 cm^-1 为单位的平均绝对误差衡量,越低越好。一个合理的基线是对标准化的成分/几何描述符做 5 近邻回归。

工具与主要能力

描述符在代码节点中构建(不使用 scilib 函数):对原子序数、质量、电负性、共价半径、族、周期和价电子做位点加权统计,外加 n_sites、每原子体积、密度、堆积分数和最近邻距离。

  • scilib.matphonon_regression.fit_predict(X_train, y_train, X_eval, ...):对对数目标使用 ExtraTrees,三个随机种子取平均,裁剪到 0..5000 cm^-1(类型化算子 phonon_frequency_regression);fit_hist_predict 是 HistGradientBoosting 替代方案,适用于树模型过度平滑时(phonon_frequency_regression_boosted);cross_validate(X, y, folds=5) 返回 mae(phonon_regression_cv_mae)。X 必须有限,y 必须为正;return_info=True 会附加来源信息。
  • scilib.matphonon_mlip.phonon_features(structures, mesh=8, min_len=7.0, disp=0.01, model="sevennet"):在未弛豫结构上用预训练通用势做 phonopy 有限位移计算(model 可选 sevennet、sevennet_mf0_pbe、sevennet_mf0_r2scan 或 chgnet);返回 {"X": (n, 21), "names": [...]},包含以 cm^-1 为单位的频率统计和 DOS 峰,失败结构对应 NaN 行(算子 phonon_feature_matrix_mlip、phonon_features_mlip)。需检查 scilib.matphonon_mlip.available() 和 scienceclaw_tools(operation=status);依赖 sevenn 或 chgnet,以及 phonopy 和 torch;权重随 pip 包提供(资产 id 为 sevennet、chgnet)。GPU 上每个结构约 0.25 秒(CHGNet)到 0.9 秒(SevenNet)。可将这些列与描述符拼接后拟合回归器。

使用规则与限制

  • 通用势会系统性地软化频率:MLIP 列只能作为回归输入,绝不能直接当作预测结果。
  • 只能在有标签的训练行上拟合;NaN 特征行的插补或删除只能使用训练统计量。
  • SevenNet-l3i5 和 CHGNet 在 Materials Project 轨迹(能量、力、应力,而非声子频率)上训练,可能包含任务中的晶体,需披露这一重叠。
  • 当新晶体含有训练集中不存在的元素时,打乱 K 折会偏乐观;应使用留元素折(leave-element-out)估计分布偏移下的表现。
  • 保持单位和形状;预测值需有限且为正。SevenNet 在 CPU 上重复运行仅约 1e-5 相对一致,如需精确复现应设置 SCIENCECLAW_MLIP_CACHE。

适用场景

适用于需要从晶体结构批量预测声子频率相关性质、并希望结合描述符回归与机器学习势特征的研究或工程任务。