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智能体与模型

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更新于 11-02 04:41

技能介绍

用途:该技能面向小规模三维T1加权脑部MRI局部裁剪图像中的海马体分割任务,将海马体划分为前部与后部,对应医学分割十项挑战赛(Medical Segmentation Decathlon)Task04。

输入与输出:输入为围绕单个海马体的三维T1加权MRI裁剪体积(约1毫米体素,形状大致为31-43×40-59×24-47)以及标注体积(0为背景、1为前部、2为后部)。交付物为列表,每张图像对应一个uint8标签体积,形状与图像完全一致,取值在{0,1,2}中。

质量评估:按病例和标签计算Dice系数,即2|P∩G|/(|P|+|G|)(两者均为空时记为1),在标签1和2上平均,再在病例上平均,越高越好。本地可使用scilib.hippo.dsc、case_dsc、mean_dsc。

主要能力:技能库可通过scienceclaw_tools(operation=show|status)查看。scilib.hippo(CPU)提供fit_predict(train_images, train_labels, eval_images, train_ids=...),涵盖位置图谱、基于块的多图谱标签融合、LightGBM体素分类器(HippocampusSegmenter)与后处理;还包括LocationAtlas、normalize_intensity、subject_groups、按受试者分组的交叉验证。scilib.hippo_unet.fit_predict为从头训练的3D U-Net集成(需GPU或远程工作节点,可用hippo_unet.available()检查)。相关算子包括hippocampus_segmentation_atlas_fusion_lgbm、multi_atlas_label_fusion_patch、location_prior_atlas_from_masks、hippocampus_segmentation_unet3d、segmentation_dice_two_labels。无需预训练权重。

使用方式与路线:基线为仅位置图谱(在归一化网格上统计标注掩码的类别频率),由于裁剪已居中,基线本身已较强;更优方案为标签融合、hippo.fit_predict,或在有GPU时使用U-Net集成;通过按受试者分组的交叉验证进行比较。

适用场景与限制:适用于上述Task04风格的裁剪体积海马体前后部分割研究。需遵守规则:体积2k-1与2k为同一扫描的左右裁剪(受试者=(id+1)//2),应放入同一折并传入train_ids,使融合跳过同受试者图谱;不同体积的强度编码不同(浮点约1e3、uint8、浮点约1e5),需按体积归一化(normalize_intensity,"robust"或"rank");保持形状和数据类型完全一致,绝不读取留出集标签。hippo_innereeye.predict_binary(资产innereye_hippocampus,ADNI全头扫描)只给出左右并集,无法给出前后分类,不得虚构类别映射;资产mass_base无封装且在这些裁剪上迁移效果不如位置图谱。关于收费、价格与平台支持等细节,暂未提供。