用途：面向系统生物学研究，查询 Reactome 这一免费开源、人工审编的通路数据库，并对其数据做通路富集与表达分析。
主要能力：内容服务（ContentService，基址 https://reactome.org/ContentService）可获取通路层级、特定实体（蛋白、反应、复合物）、通路参与分子、数据库版本与元数据、区室与定位信息。分析服务（AnalysisService，基址 https://reactome.org/AnalysisService）支持过度代表分析、表达数据分析与跨物种比较。另有 reactome2py Python 客户端封装 API。
使用方式：安装客户端可用 uv pip install reactome2py（该包 3.0.0 版发布于 2021 年 1 月，可用但不再积极维护，建议优先直接调用 REST API）。过度代表分析以纯文本每行一个标识符 POST 到 /identifiers/，返回 JSON 含 pathways、summary、entities 及 pValue、FDR 等统计值，并给出 token；token 有效期 7 天，可用 GET /token/{TOKEN} 取回结果。表达分析需 TSV，首行以 # 开头，第一列为标识符，其余列为数值，小数点用句点。物种投影用 /identifiers/projection/。结果可拼接 https://reactome.org/PathwayBrowser/#{pathway_id}&DTAB=AN&ANALYSIS={token} 在 Pathway Browser 中查看。技能内含 scripts/reactome_query.py，可执行 query、analyze、version 等子命令。
适用场景：基因或蛋白列表的通路富集、表达数据通路解读、基因到通路的映射、疾病相关通路探索、跨物种比较。
限制：标识符支持 UniProt、基因符号、Ensembl、EntrezGene、ChEBI 等并自动识别；资料未提供收费、价格与平台信息。数据库统计（版本 94，2025 年 9 月）为 2,825 条人类通路、16,002 个反应、11,630 个蛋白、2,176 个小分子、1,070 种药物、41,373 条文献引用。