用途:RDKit 是化学信息学工具包,提供 Python API 进行分子分析与操作,面向药物发现、计算化学和化学信息学研究。
主要能力:支持从 SMILES、MOL 文件、MOL 块、InChI 读取分子,并输出规范 SMILES、MOL 块、InChI;可用 Supplier/Writer 批量处理 SDF、SMILES 及压缩文件,支持多线程读取。解析时自动执行价键检查、芳香性感知、手性赋值等 sanitization 步骤,也可手动或部分执行。可计算分子量、精确分子量、LogP、TPSA、氢键供受体数、可旋转键数、芳香环数等描述符,并一次性计算全部描述符。支持 RDKit 拓扑指纹、Morgan 指纹、MACCS keys、原子对、拓扑扭转等指纹,以及 Tanimoto、Dice、Cosine 相似性和 Butina 聚类。支持 SMARTS 子结构匹配与常见模式检索。支持反应 SMARTS 定义与产物生成、反应指纹。支持 2D 坐标生成、ETKDG 3D 构象生成、UFF/MMFF 力场优化、构象 RMSD 与分子对齐。支持分子图像绘制、子结构高亮、Jupyter 内联显示、指纹位可视化。还支持加/删氢、Kekulize、子结构替换、电荷中和、分子哈希、随机 SMILES、药效团特征提取。
使用方式:通过 Python 导入 rdkit 使用,如 from rdkit import Chem、from rdkit.Chem import AllChem、Descriptors、Draw、DataStructs 等。MolFrom* 函数失败返回 None,处理前需检查。
适用场景:药物相似性分析、相似性筛选、子结构过滤、构象生成与可视化等。
限制:资料未提供安装命令、收费、价格、平台支持等具体信息;部分功能如 Avalon 指纹标注为“if available”。