用途:查询 PubChem PUG REST API,检索超过 1.1 亿种化学化合物的数据,适用于需要化合物属性、分子结构、生物活性或相似/子结构检索的场景。
主要能力:按名称、CID、SMILES、InChI key 或分子式查找化合物;获取分子属性(如 MolecularWeight、MolecularFormula、XLogP、TPSA、HBondDonorCount、HBondAcceptorCount、IUPACName、CanonicalSMILES、InChI、InChIKey 等);进行 2D 指纹 Tanimoto 相似性搜索(Threshold 参数)和子结构搜索;通过 PUG-View 获取药理学、安全性和文献等详细注释;获取生物测定摘要与活性结果;获取 2D 结构 PNG 或 SDF 文件。
使用方式:API 基址为 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug。示例:按名称查询 curl -s "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/JSON";按 CID 查询 curl -s "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/cid/2244/JSON";属性检索 curl -s "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/ibuprofen/property/MolecularWeight,MolecularFormula,XLogP,HBondDonorCount,HBondAcceptorCount,TPSA/JSON";相似性搜索 curl -s "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/smiles/CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O/cids/JSON?Threshold=90";子结构搜索 curl -s "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccccc1C(=O)O/cids/JSON?MaxRecords=10";PUG-View curl -s "https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug_view/data/compound/2244/JSON"。
限制与最佳实践:请求速率不超过每秒 5 次;优先使用 CID 查询,名称查询可能返回多个匹配;大结果集使用 MaxRecords 和分页;含特殊字符的 SMILES 需 URL 编码;优先使用属性端点而非完整 JSON 记录;批量操作(超过 100 个化合物)使用 PUG REST 异步 listkey 模式。数据完整性要求:不得凭记忆编造数据库结果,所有标识符与属性必须来自实际 API 响应,无结果或错误时如实报告。
适用场景:化学信息学、药物发现、化合物属性筛选、结构相似性分析等。平台、收费与价格信息暂未提供。