用途：在用户提到蛋白质折叠、AlphaFold/ESMFold/RoseTTAFold、PDB 文件、结构分析、Ramachandran 图、分子对接、结合亲和力、结合口袋、同源建模、threading、从头结构预测、蛋白-蛋白相互作用（PPI）、界面分析、结构比对、RMSD、TM-score、冷冻电镜或 X 射线晶体学数据解读时触发。
主要能力与方法：先检索或预测结构，按 UniProt ID 或基因名在 PDB 查找实验结构，缺失时用 AlphaFold DB 或运行 ESMFold，并检查 pLDDT 置信度。质量评估方面，实验结构看分辨率、R-free 与完整性，预测结构看逐残基 pLDDT 与 PAE 矩阵。结构分析包括识别二级结构元件、计算溶剂可及表面积、映射保守残基与功能结构域。结合位点识别可用 fpocket、SiteMap 或 DoGSiteScorer，并与 PDBe、BindingDB 的已知配体结合信息交叉比对。分子对接推荐 AutoDock Vina、GNINA 或 Glide，围绕结合位点定义网格盒，报告结合能（kcal/mol）与关键相互作用（氢键、疏水、π-堆积）。结构比较用 TM-align 或 FATCAT，报告 RMSD 与 TM-score，识别不同状态间的构象变化。可视化推荐 PyMOL、ChimeraX 或 Mol*，并指定按链、B-factor、静电或保守性着色。
关键数据库与工具：PDB/PDBe、AlphaFold DB、UniProt、InterPro/Pfam、BindingDB/ChEMBL、RCSB PDB REST API、PDBe-KB。
输出格式：结构需给出 PDB ID、分辨率、方法与链标识；结合能以 kcal/mol 并附相互作用指纹；结构比对给出 RMSD（埃）与 TM-score；残基编号须与规范 UniProt 序列或 PDB SEQRES 一致；附可复现可视化的 PyMOL/ChimeraX 命令。
限制：需明确结构来源与方法，报告分辨率或 pLDDT，列出结合位点残基及链编号，对接结果含最优构象与相互作用细节，说明预测结构的局限，核实 PDB ID 有效且为最新，并区分生物学装配体与非对称单元。资料未提供具体收费、平台与安装命令信息。