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profile-report

办公与效率

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更新于 10-15 20:06

技能介绍

用途:把用户已运行的多个基因组分析技能结果整合为一份统一、可读的个人基因组档案报告,避免多份报告彼此孤立。

主要能力:读取并校验 PatientProfile JSON,识别已运行的技能;将 pharmgx、nutrigx、prs、genome-compare 的结果渲染为统一报告;扫描跨技能重复出现的基因/变异,生成跨领域洞察;输出执行摘要与行动项;对缺失技能给出占位说明而非报错。

输入:PatientProfile JSON(.json),必需字段为 metadata、genotypes、skill_results,例如 profiles/PT001.json。

使用方式: 从已填充的 PatientProfile JSON 生成: python skills/profile-report/profile_report.py --profile <profile.json> --output <report_dir> 演示模式: python skills/profile-report/profile_report.py --demo --output /tmp/profile_demo 通过 ClawBio runner: python clawbio.py run profile --demo python clawbio.py run profile --profile profiles/PT001.json --output <dir>

输出结构:输出目录含 profile_report.md(执行摘要、药物基因组学、营养基因组学、多基因风险评分、基因组比较、跨领域洞察、免责声明)与 result.json(机器可读结果封装)。

适用场景:用户要求“profile report”“personal profile”或“my profile”,或希望统一查看全部基因组结果时。可先运行 full-profile 流水线(pharmgx → nutrigx → prs → compare),再运行本技能整合。

限制与安全:仅读取本地 profile JSON,不上传数据;只读取已有技能输出,不重新计算或臆造结果;每份报告均含免责声明;依赖 Python 3.10+ 标准库。演示模式预期输出包含 PharmGx(12 基因、51 药物)、NutriGx(40 SNP、13 饮食领域)、PRS 与 Genome Compare(与 George Church 的 IBS 及祖源)等,具体以实际资料为准。