用途:访问 RCSB 蛋白质数据库(PDB),搜索、检索并下载大分子三维结构数据,覆盖 X 射线晶体学、冷冻电镜、NMR 等实验方法,无需认证。
主要能力:Data API(https://data.rcsb.org)按 PDB ID 获取结构元数据,如 GET /rest/v1/core/entry/{pdb_id};Search API(https://search.rcsb.org)支持全文、按物种与分辨率组合、序列相似性等高级检索,POST /rcsbsearch/v2/query;文件下载(https://files.rcsb.org)可获取 PDB、mmCIF 及结构因子文件;GraphQL API(https://data.rcsb.org/graphql)可只取所需字段。
使用方式:已知 PDB ID 用 Data API 的 GET 请求;复杂查询用 Search API 的 POST JSON;下载坐标文件用 files.rcsb.org/download/{id}.pdb 或 .cif。示例:curl -s "https://data.rcsb.org/rest/v1/core/entry/1HBB"。
适用场景:需要晶体或冷冻电镜结构数据、实验元数据、同源蛋白结构检索、结构文件下载时使用。
限制与注意:PDB ID 为 4 字符(如 1HBB),也支持 PDB-xxxxx 扩展 ID;应检查 resolution_combined 评估质量,数值越低越好;大型组装体建议用 mmCIF 而非旧 PDB 格式;无需认证但需控制请求频率。资料强调不得凭记忆编造数据库结果,所有 ID、名称、属性与元数据必须来自实际 API 响应,无结果或出错时如实报告。