用途:通过 NCBI Entrez E-utilities 接口访问 NCBI 及合作数据库,适合需要查询核苷酸/蛋白序列、基因信息、SNP、ClinVar 变异注释及文献链接的场景。
主要能力:接口基址为 https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils,包含 esearch.fcgi(检索并返回 ID)、efetch.fcgi(按 ID 取回完整记录,可输出 FASTA/XML/JSON)、esummary.fcgi(文档摘要)、elink.fcgi(跨库链接)、einfo.fcgi(列出数据库与可检索字段)。支持 Gene、SNP、ClinVar、Nucleotide、Protein、OMIM、PubMed 等库。
使用方式:设置 NCBI_API_KEY 环境变量以提升吞吐量,带 API key 限速 10 次/秒,不带为 3 次/秒,并可在请求中追加 &api_key=$NCBI_API_KEY。常用两步流程:先用 esearch 取回 ID 列表,再用 efetch 或 esummary 批量取回。可搭配 retmode=json 便于解析,JSON 不可用时改用 XML;用 retmax 限制结果数(默认 20,esearch 最大 10000);用 elink 发现跨库关系;检索词中加 [Organism] 限定物种;可用 datetype、mindate、maxdate 限定日期范围。
限制与注意:必须遵守 NCBI 限速,超限可能被封锁 IP。资料明确要求不得凭记忆编造数据库结果,所有 ID、基因名、变异信息等必须来自实际 API 响应;无结果或报错时如实说明。其他价格、平台支持等信息暂未提供。