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更新于 10-16 05:01

技能介绍

用途:该元技能把基因数据库查询、序列分析、表达谱分析与通路富集整合为统一流程,用于基因功能研究,产出基因层面与系统层面的生物学洞察。

主要能力:第一步通过 NCBI Entrez 检索基因官方命名、基因组坐标、转录本变体、功能注释、模式生物同源基因,以及 ClinVar、dbSNP 变异和 PubMed 文献。第二步用 BioPython 做同源序列多序列比对、启动子或蛋白结构域基序发现、Pfam/InterPro 结构域映射、密码子使用分析与基于保守性的变异影响预测。第三步用 scanpy 处理单细胞与 bulk RNA-seq:单细胞含质控、标准化、聚类、标记基因识别与细胞类型注释;bulk 含差异表达、火山图与热图,并支持跨数据集比较与共表达模块识别。第四步将差异或共表达基因映射到 KEGG、Gene Ontology、Reactome 通路,并做网络富集识别枢纽基因。第五步生成含基因卡片、保守性高亮、表达统计、通路排序与图表的报告。

使用方式:以可靠来源的基因标识(NCBI Gene ID 或 HGNC 符号)为起点,依次调用 ncbi-entrez、biopython-bio、scanpy-singlecell 三个集成技能。输出包括基因卡片、比对视图、差异基因列表(含倍数变化、p 值、FDR)、通路表与热图、火山图、UMAP 等图表。

限制:资料未提供具体安装命令、运行环境、收费与平台信息;实际效果取决于输入数据质量与所选参数。