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exploratory-data-analysis

数据与分析

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更新于 10-16 05:01

技能介绍

用途:针对科学数据文件开展探索性数据分析(EDA),在正式分析前帮助了解文件结构、内容与数据质量。资料称可自动识别并分析200+种科学文件格式,并提供格式专属分析、数据质量评估与Markdown报告生成。

主要能力:自动检测文件类型;按格式类别提取元数据;进行统计摘要与分布分析;评估数据质量与完整性;给出可视化与分析建议;生成Markdown报告。支持六大类格式:化学与分子(60+扩展名,如.pdb、.mol、.dcd)、生物信息与基因组(50+,如.fasta、.bam、.vcf、.h5ad)、显微与成像(45+,如.tif、.nd2、.czi、.dcm)、光谱与分析化学(35+,如.mzML、.jdx)、蛋白质组与代谢组(30+,如.mzML、.mzid)、通用科学数据(30+,如.npy、.csv、.hdf5、.parquet、.fits)。

使用方式:提供文件路径后先检测扩展名,再查阅对应参考文件获取格式说明,然后分析。可直接运行脚本:python scripts/eda_analyzer.py <filepath> [output.md]。也可按数据类型自定义分析,如表格用pandas检查维度、缺失值与统计量;序列统计数量、长度分布与GC含量;图像检查维度与强度统计;数组检查形状与类型。报告按模板生成,常用命名为{original_filename}_eda_report.md。

适用场景:分析未知科学数据文件、检查数据质量与完整性、判断适合的分析方法、为下游分析做准备。

限制:许多格式需专用库(如biopython、pysam、rdkit、mdanalysis、tifffile、nd2reader、pydicom、h5py等),缺少时需自行安装;超大文件建议采样或分块处理;未知扩展名需向用户确认格式。资料未提供具体收费、价格或平台信息。