SuperAPI AI 工具集

ensembl-database

数据与分析

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更新于 10-16 05:01

技能介绍

用途:通过 Ensembl REST API 访问 EMBL-EBI 维护的脊椎动物基因组数据,适用于按基因符号或 Ensembl ID 查询基因、获取 DNA/转录本/蛋白序列、分析遗传变异、查找跨物种同源基因、访问调控元件与基因组注释、在不同基因组组装间转换坐标,以及将 Ensembl 数据集成到基因组研究流程中。

主要能力:基因信息检索(按符号、ID 或外部数据库标识查询,获取转录本、蛋白、坐标及 UniProt、RefSeq 等交叉引用);序列获取(基因组、cDNA、蛋白序列,支持 JSON、FASTA、纯文本);变异分析(按 rsID 或坐标查询变异,使用 VEP 预测功能后果,获取群体频率与表型关联);比较基因组学(同源基因、旁系同源基因、基因树、基因家族);区域分析(查找区域内基因、转录本、调控元件、变异);组装映射(如 GRCh37 到 GRCh38)。

使用方式:推荐安装 Python 包 uv pip install ensembl_rest,使用 EnsemblClient 调用 symbol_lookup、lookup_id、sequence_id、vep_hgvs、homology_ensemblgene 等方法;也可直接用 requests 访问 https://rest.ensembl.org。GRCh37/hg19 查询需使用 https://grch37.rest.ensembl.org。

限制与注意事项:匿名用户速率上限为每秒 15 次请求,需处理 429 响应并读取 Retry-After 头等待重试;建议使用批量端点并缓存结果。资料未提供收费、价格或平台支持等更多信息。