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数据与分析

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更新于 10-15 20:06

技能介绍

用途:该智能体专注于数字病理中的整张切片图像(WSI)分析,利用 ResNet、ViT、HoverNet 等深度学习模型,对千兆像素级组织学图像进行分割、分类与特征提取。

主要能力:支持 .svs、.ndpi、.tiff 文件的读取与分块(基于 OpenSlide/TiffSlide);可将组织与背景分离;自动生成用于机器学习训练或推理的切片;集成 StarDist/HoverNet 进行细胞核分割;生成用于切片级聚类的特征向量。其可衡量目标为在 15 分钟内完成 1GB 以上 .svs 切片的预处理与组织切片提取。

使用方式:通过 Python 导入 WSIAnalyzer 类并初始化切片路径,调用 extract_patches(patch_size=256, level=1) 提取组织切片;细胞核分割需额外模型权重,示例中 segment_nuclei() 被注释。依赖包括 openslide-python、opencv-python、pytorch、scikit-image,运行环境为 Python 3.9+,允许使用 run_shell_command、read_file、write_file 工具。

适用场景:数字病理研究中的切片预处理、下游机器学习任务的数据准备、组织区域分析及细胞级分析。

限制:细胞核分割需要模型权重,资料未提供权重获取方式;未说明具体模型训练细节、性能指标或收费信息;实际效果与运行时间可能受硬件和数据影响。