用途：为Illumina短读数据的生殖系与体细胞短变异检出提供流程决策指引，覆盖BWA/BWA-MEM2比对、GATK HaplotypeCaller、Mutect2等环节，补充LLM常出错的过滤阈值、GVCF要求与参考一致性等问题。
主要能力：生殖系策略上，单样本且无后续联合分析直接用HaplotypeCaller输出VCF；队列（≥2样本）需HaplotypeCaller加-ERC GVCF，再经GenomicsDBImport与GenotypeGVCFs。过滤策略上，≥30个WGS样本或≥30个WES外显子组用VQSR，少于30样本或单样本用硬过滤。体细胞方面，肿瘤配匹配正常用Mutect2处理双BAM；仅肿瘤样本必须加PoN与gnomAD生殖系资源。
WES与WGS差异：WGS的BQSR/HaplotypeCaller不加-L，WES需-L capture.bed -ip 100；两者BQSR已知位点均用全基因组，不可按捕获区间取子集；联合基因分型区间WGS按染色体、WES用-L capture.bed。
关键参数：硬过滤阈值中SNP与Indel的QD均<2.0，FS分别>60.0与>200.0，MQ<40.0，MQRankSum<-12.5，ReadPosRankSum分别<-8.0与<-20.0，SOR分别>3.0与>10.0。VQSR真值敏感度SNP为99.7、Indel为99.0，Indel加--max-gaussians 4，注释用-an QD -an FS -an MQ -an MQRankSum -an ReadPosRankSum -an SOR。Mutect2需--germline-resource af-only-gnomad.hg38.vcf.gz、--panel-of-normals pon.vcf.gz，可加--f1r2-tar-gz配合LearnReadOrientationModel处理FFPE/OxoG伪影，并在FilterMutectCalls前执行GetPileupSummaries与CalculateContamination。
使用方式：在用户涉及BWA、GATK、HaplotypeCaller、Mutect2，或需在VQSR与硬过滤之间选择、设置WES/WGS参数、运行肿瘤/正常或仅肿瘤体细胞检出时激活。输出先给命令或代码，再解释，结构为确认输入、可用代码、关键参数说明、注意事项，每任务一个完整示例。
限制与注意：比对须带正确@RG头（ID、SM、PL、LB）；队列分析必须产出GVCF；Indel不可复用SNP过滤阈值；VQSR不可用于少于30样本；BQSR不可按WES捕获区间截取已知位点；每个产BAM步骤后需建索引；须保证ref.dict、ref.fa.fai、BWA索引与所有VCF为同一基因组版本；仅肿瘤调用必须提供PoN。未提供具体安装命令、价格与平台信息。