用途：从单细胞 RNA 测序数据重建连续的细胞状态转变，按数据条件选择 DPT、PAGA、RNA 速率或 CellRank 命运映射，并输出可运行代码。
主要能力：DPT（scanpy.tl.dpt）按指定根细胞沿扩散流形排序；PAGA 计算聚类间连通性并初始化力导向布局；scVelo 用未剪接/剪接 mRNA 比例推断方向性（该库处于维护模式，API 稳定但不再新增功能）；CellRank v2 统一核接口，可组合速率核、伪时间核、实时核、CytoTRACE 核与连通性核，用 GPCCA 估计宏状态、终态与命运概率，CytoTRACE 核无需速率数据。
使用方式：假设已有预处理好的 AnnData（归一化、对数转换、高变基因、邻接图）；速率分析还需 velocyto 或 STARsolo 生成的 spliced/unspliced 层。可用自然语言描述需求，技能会给出方法选择、前置条件检查、完整代码、关键参数说明与常见问题，并附方法选择决策树。
限制与注意：DPT 必须设置 iroot 否则伪时间无方向；速率需先运行 scv.pp.moments；dynamical 模式必须先 recover_dynamics；latent_time 仅对 dynamical 模式有效；PAGA 的 threshold 只影响可视化不影响底层图；重跑 neighbors 后需重算速率图和 CellRank 转移矩阵；CellRank v2 用 n_states 而非 n_cells；速率箭头混乱时应改用 CytoTRACE 或伪时间核。具体安装命令与依赖版本暂未提供。