用途：这是一个薄脚手架式的流水线技能，为蛋白质结构分析任务补充工具选择逻辑、格式转换规则和细分陷阱提示。智能体本身已知 Biopython/PyMOL 语法，此技能用于避免常见参数与流程错误。
主要能力与用法：在解析 PDB/mmCIF、计算 RMSD、检测口袋或转换格式时激活；在拉氏图、接触图、B 因子分析或 DSSP 二级结构指派时激活；在准备 PDBQT 导出以供下游对接时激活。核心工具选择包括：解析用 Biopython PDBParser/MMCIFParser（传 QUIET=True）；叠合用 Bio.PDB.Superimposer；口袋检测用 fpocket 命令行；可视化用 PyMOL（使用 -cq 无头模式）；接触分析用 Bio.PDB.NeighborSearch（默认 4.0 Å）；二级结构用 Biopython 调用 DSSP；PDB 转 mmCIF 用 MMCIFIO；转 PDBQT 用 obabel -O out.pdbqt -xr（必要时先加 -xh 加氢）；二面角用 PPBuilder 的 get_phi_psi_list()。
关键概念：SMCRA 层级（Structure→Model→Chain→Residue→Atom），须在正确层级迭代，NMR 文件含多模型；altloc 交替构象须在几何计算前过滤为单一构象；fpocket 输出写到当前工作目录下的 <basename>_out/，而非输入文件旁，口袋按可成药性评分（0–1）排序。
常见陷阱：忽略多模型、忽略 altloc、误用全原子 RMSD、Superimposer 原子列表长度不等、PDBQT 导出前未加氢、骨干计算混入 HETATM/水、对 None 的 phi/psi 调用 math.degrees()、DSSP 二进制名未用 mkdssp、期待 fpocket 输出在输入旁、忘记 QUIET=True。RMSD 类型需按场景选择：骨架比较用 Cα，环柔性用全部骨架原子，结合位点比较用配体 5 Å 内全原子，相同序列方可用全原子。
限制：资料未提供收费、平台、效果或具体安装步骤等信息，暂未提供；实际分析能力取决于外部工具（Biopython、fpocket、PyMOL、DSSP、obabel）是否可用。