用途：为 Illumina 短读长测序数据提供可复现的质控流程，覆盖原始 reads→修剪后 reads→比对 BAM 全生命周期，产出可用于 WGS、WES 和靶向 panel 项目质控判定的确定性指标。
主要能力：原始 reads 质控（FastQC 逐 FASTQ，MultiQC 汇总）；接头与质量修剪（fastp，双端接头检测）；修剪后质控（FastQC+MultiQC）；比对质控（samtools stats/flagstat、Picard 指标套件）；覆盖度质控（mosdepth，全基因组窗口或靶向 BED）；汇总（MultiQC 生成单页 HTML）。
使用方式：设定 THREADS=8、OUT=qc_out，准备双端 FASTQ、坐标排序并建索引的 BAM、参考 ref.fasta 及靶向区间。典型命令：fastqc -t $THREADS -o $OUT/fastqc_raw *.fastq.gz；fastp -i sample_R1.fastq.gz -I sample_R2.fastq.gz -o $OUT/fastp/sample_R1.trim.fastq.gz -O $OUT/fastp/sample_R2.trim.fastq.gz --detect_adapter_for_pe --thread $THREADS --html $OUT/fastp/sample.fastp.html --json $OUT/fastp/sample.fastp.json；multiqc $OUT -o $OUT/multiqc；samtools flagstat -@ $THREADS sample.bam > $OUT/samtools/sample.flagstat.txt；mosdepth --by 500 --threads $THREADS --fast-mode --no-per-base $OUT/mosdepth/sample_wgs sample.bam。Picard 需 ref.dict 与 .interval_list（用 picard BedToIntervalList I=targets.bed O=targets.interval_list SD=ref.dict 转换）。
适用场景：WGS、WES、靶向 panel 及 RNA-seq 的质控；按测序类型选择覆盖度工具与阈值，如 WGS 用 mosdepth --by 500 与 CollectWgsMetrics，WES/panel 用 mosdepth --by targets.bed 与 CollectHsMetrics。
限制与注意：需显式核对 Phred 编码（现代 Illumina 为 Phred+33，旧数据可能为 Phred+64，可用 seqtk seq -Q64 -V in.fq > out.fq 转换）；去重应在比对后使用 Picard MarkDuplicates 或 samtools markdup，而非 fastp --dedup；大基因组应加 --no-per-base；区间文件 contig 名称与排序须与 BAM 头一致；质控应同时报告平均深度、覆盖广度与重复率。资料未提供安装方式、收费与平台信息。