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multi-omics-pipeline

数据与分析

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更新于 10-15 17:23

技能介绍

用途:为多组学数据处理任务提供确定性、可直接复制使用的代码,涵盖基因 ID 映射、批次校正、多组学因子分析整合、富集分析与共识聚类。

主要能力:

  1. ID 映射:在 HGNC、Ensembl、UniProt 之间转换基因标识,Python 用 mygene,R 用 biomaRt,并处理一对多关系。
  2. 批次校正:连续数据用 ComBat(pycombat 或 sva),RNA-seq 原始计数用 ComBat-seq,可通过 mod/group 保护生物学协变量。
  3. 整合:R 用 MOFA2,Python 用 mofapy2,输入为各 omic 层的特征×样本矩阵,输出因子、方差解释与权重。
  4. 富集:Python 用 gseapy 的 prerank,R 用 fgsea 配合 msigdbr,支持 MSigDB Hallmark 等基因集。
  5. 共识聚类:Python 基于 scikit-learn 自实现,R 用 ConsensusClusterPlus,按轮廓系数或 CDF 选择 k。

使用方式:技能以“先给命令或代码、后解释”的格式响应,结构为确认输入→可运行代码→关键参数说明→注意事项,每个任务给一个完整示例,代码约 50–100 行。

适用场景:转录组、蛋白质组、甲基化等多组学数据的预处理、整合与下游分析。

限制与注意:基因符号不唯一,应使用 HGNC ID 或 Ensembl 稳定 ID 作主键;ComBat 必须纳入生物学协变量;MOFA 需输入归一化、方差稳定后的连续数据,不可用原始计数;富集排序应结合显著性而非仅倍数变化;fgsea 建议 minSize=15、maxSize=500。具体安装命令与收费信息暂未提供。