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multi-omics-integration

数据与分析

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更新于 10-15 17:23

技能介绍

用途:该技能为多组学数据整合提供决策框架而非代码,指导智能体在生成任何分析流程前,先正确选择整合策略、批次校正方法与富集方法。

主要能力:

  1. 整合策略决策:按每层样本量、层间重叠度选择早期(n≥200且完全重叠)、中期(50≤n<200或重叠≥70%)或晚期(n<50、重叠<70%或不同队列)整合。
  2. 中期方法选择:无监督因子发现用MOFA+;稀疏特征的患者分型用iCluster+;异质数据分型用SNF;监督分类用MKL或DIABLO。
  3. 批次校正:区分批次与生物学是否混杂;连续数据用ComBat或SVA,计数数据用ComBat-seq;须保护生物学协变量并做校正后验证。
  4. 部分重叠处理:按重叠度(≥90%、70–90%、50–70%、<50%)选择丢弃、MOFA+、插补或仅晚期整合;缺失超过30%不建议插补。
  5. 富集分析:ORA、GSEA、ActivePathways、网络方法,以及MSigDB等基因集数据库选择。
  6. 报告清单与反模式提示。

使用方式:当用户询问跨组学整合、批次校正或方法选择时激活。回答应先给直接建议(≤3句),再给理由与注意事项,目标200–400词;决策树仅供内部推理,不向用户复述遍历过程。

限制:仅适用于多组学场景,单组学应改用单组学技能;样本量差异超过10倍且无重叠策略时不适用;涉及临床试验分层、批次与生物信号无法区分、结果与既有生物学矛盾时应升级给人类专家。具体软件版本、参数默认值等以实际工具文档为准。