用途：为分子对接（基于结构的药物发现）提供流程化决策逻辑与避坑指南，重点覆盖受体/配体准备、格点盒设置、采样参数与验证协议。
主要能力与用法： 受体准备工具选择：快速探索/单配体可选 obabel（-d、reduce、-xr）；生产级虚拟筛选建议用 prepare_receptor（ADFR）或 meeko，以正确处理 altloc、金属离子与非标准残基。配体准备：单配体由 SMILES/SDF 可用 obabel --gen3d -h；大规模库（>100）用 meeko（mk_prepare_ligand.py）；立体中心未定义时须先显式枚举再对接。 格点盒：有共晶配体时以其质心为中心；无共晶配体用口袋预测工具（fpocket、P2Rank、SiteMap）。尺寸为配体最长直径每轴加 10–15 Å 内边距，类药分子常用每边 20–30 Å。 Exhaustiveness：快速探索 8（Vina 默认），生产/排序 32，柔性大配体（>8 可旋转键）64+。关键参数建议：num_modes 10、energy_range 3 kcal/mol、质子化 pH 7.0（reduce 默认，酸性口袋如天冬氨酰蛋白酶 pH 4.5 时用 PROPKA/H++）。 验证门槛：筛选前必须重对接共晶配体，RMSD < 2 Å；失败需先修正准备或格点。
限制与注意：Vina 打分仅在同一受体+格点配置内可比，不可跨靶点或配置迁移；类药命中常见 -7 至 -12 kcal/mol。常见错误包括保留晶体水、统一 pH 7 质子化、格点盒贴边、大柔性配体用默认 exhaustiveness、跳过重对接验证、生产筛选用 obabel -xr PDBQT、对未定义立体中心直接 --gen3d、跨受体比较亲和力。输出格式建议先给命令或代码，再解释关键参数与陷阱，每任务一个完整示例，代码 50–100 行。具体安装命令与完整代码示例暂未提供。