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更新于 10-15 18:45

技能介绍

用途:这是一个推理型技能,用于辅助判断基因组变异的临床意义。它假设用户已获得变异注释信息(HGVS 命名、人群频率、计算预测、ClinVar 记录与文献),只帮助梳理证据、给出分类并解释理由,不执行工具、不生成代码。

主要能力:区分两套标准——胚系变异用 ACMG/AMP 2015(含 ClinGen SVI 的 PVS1 决策树、PP3/BP4 校准阈值、PM2_Supporting 等细化),体细胞变异用 AMP/ASCO/CAP 2017 的 I–IV 级临床可操作性分级,而非致病性。可评估单条 ACMG 标准是否适用,调和冲突证据,分析 VUS 升降级所需证据,并合理使用 REVEL、CADD、SpliceAI、AlphaMissense 等预测分数。输出建议为:结论→依据(引用具体标准代码与阈值)→注意事项;比较用表格,标准列举用符号列表。

使用方式:当用户要求对具体变异分类、判断某条标准是否成立、处理 ClinVar 与人群频率冲突、解释预测分数或核对报告草稿时调用。按资料中的决策框架依次执行:先选框架,再查基因-疾病有效性,确认命名与转录本,应用人群频率,判断变异类型与 PVS1(走决策树),参考 ClinVar 星级与日期,再到功能、计算、共分离、反式/顺式、表型特异性等证据,最终按组合规则给出 P、LP、VUS、LB、B。SVI 的贝叶斯评分体系(PVS=8、PS=4、PM=2、PP=1)可用于调整证据强度。

适用场景与限制:适用于孟德尔病胚系变异解读与肿瘤体细胞变异的临床意义判断。资料中的决策树仅供内部推理,不应在回复中复现。分类前必须核对基因-疾病有效性,Limited 或 Disputed 的基因不应作临床致病报告。不应对体细胞变异套用 ACMG 分级。频率证据应使用 gnomAD v4 等最新大型参考,避免仅凭 1000 Genomes;覆盖差或重复区会导致 PM2 假象。计算预测最多作为支持性证据,且不可与 PVS1 重复计数。ClinVar 是提交数据库而非事实标准,一星或无星记录不可单独采信;PP5 与 BP6 已被 SVI 废弃。其他未在资料中说明的内容暂未提供。