用途:该技能让智能体为全切片图像(WSI)分析生成正确、可运行的代码,覆盖 TIAToolbox 命令行与 Python API、H-optimus-0 基础模型,以及“组织→切块→特征→聚合→预测”的标准流程,并涉及 CAMELYON 数据集与受监管工作负载的 SageMaker 部署模式。
主要能力:检查、切块或染色归一化 WSI(SVS、NDPI、MRXS、金字塔 TIFF);用病理基础模型提取特征;在 CAMELYON 等队列上构建切片级分类器;将 WSI 模型部署到 AWS SageMaker。默认使用 TIAToolbox 原语(WSIReader、PatchPredictor、DeepFeatureExtractor),默认 H-optimus-0 在 0.5 mpp、224×224。
使用方式:当用户提出上述任务时调用。仅在分辨率、模型或输出产物不明确时请求澄清,否则套用默认规则。回答先给命令或代码再解释,结构为确认输入→可运行代码→关键参数说明→注意事项,每任务一个完整示例,代码约 50–100 行。常用命令如 tiatoolbox slide-info、tissue-mask、patch-predictor、stain-norm,均支持 --img-input、--output-path、--resolution、--units、--batch-size、--device cuda。
适用场景与限制:适用于病理 WSI 分类、特征提取与部署。H-optimus-0 为 1.1B 参数 ViT-G/14,输出 1536 维,许可受限,需在 Hugging Face 接受条款并运行 huggingface-cli login。需注意 OpenSlide 依赖、分辨率不得细于原生 mpp、CAMELYON17 须按患者而非切片划分、ASAP XML 坐标为 baseline 级别等常见错误。依赖:tiatoolbox>=1.5、timm>=1.0、torch>=2.1、openslide-python、huggingface_hub,系统需 openslide-tools、libpixman-1-dev、libvips。