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cell-type-annotation

数据与分析

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更新于 10-15 17:23

技能介绍

用途:当用户已有聚类后的 AnnData 或 SingleCellExperiment 数据,需要为 adata.obs 生成细胞类型标签时,用该技能生成注释代码。

主要能力与四种路径:

  1. 自动化——CellTypist 逻辑回归分类器(按物种与组织选择模型)。
  2. 参考注释——SingleR(R)或 scANVI、sc.tl.ingest(Python)标签迁移。
  3. 标记基因——依据经典 marker 面板人工判读。
  4. 分层注释——先粗分免疫/基质/上皮等区室,再细分。

必要用法:CellTypist 需 log1p(CP10k) 归一化数据、基因名为 HGNC/MGI 符号,调用 celltypist.annotate() 时建议 majority_voting=True,结果经 predictions.to_adata() 取回,置信度见 .obs['conf_score'],低于 0.5 置为 Unknown。SingleR 需 logcounts assay,参考取自 celldex,低质量结果用 pruneScores 剪除。sc.tl.ingest 要求查询与参考共享 PCA 空间;批次效应明显时改用 scANVI 的 load_query_data。

适用场景:PBMC/免疫、肺、肠道、脑等组织的注释与图谱映射。

限制:模型或参考必须匹配物种与组织;未归一化或使用 Ensembl ID 会静默降质;小簇(<20 细胞)不宜赋罕见亚型;注释需用 dotplot 与比例合理性校验,无明确标记的簇应保留 Unknown。具体脚本与阈值以实际数据为准。