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数据与分析

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更新于 10-15 17:23

技能介绍

用途:该技能用于审视生物标志物(基因、蛋白、影像特征、EHR 变量、复合评分)的开发与验证提案,在编写代码前发现方法学缺陷,并引导用户形成正确设计。适用于高维数据(转录组、蛋白组、影像组、甲基化)特征选择、交叉验证方案与样本量选择、多组学整合、是否可用于临床或监管提交等提问。

主要能力:1)强制先区分意图——预后(单臂或观察队列,估计风险比、C 指数、校准)、预测(需 RCT 或目标试验模拟,考察治疗×标志物交互)、诊断(需覆盖全疾病谱,关注灵敏度、特异度、PPV/NPV)。2)按问题形态推荐特征筛选:n<p 用 LASSO/弹性网或稳定性选择,强相关特征用弹性网或组 LASSO,非线性用随机森林/梯度提升并配合置换重要性,发表级可重复性用稳定性选择(子样本中被选 ≥60%)。3)强调嵌套交叉验证不可省略:外层估泛化,内层做特征选择与调参;按患者划分、按结局(及中心/批次)分层;插补、归一化、批次校正、PCA 等均在训练折内拟合;报告各折分布而非仅均值。4)列出常见泄漏:全数据特征选择、时间泄漏、结局包含在特征中、预处理泄漏、批次/中心泄漏、代理变量泄漏。5)按意图给出评价指标:预后用 C 指数、时间依赖 AUC、校准;预测用交互项与亚组效应;诊断用预设阈值下的灵敏度/特异度、AUROC/AUPRC、PPV/NPV(需按部署患病率重估)。6)验证层级:内部验证→内部-外部(留一中心/批次)→外部验证(独立队列、锁定模型与阈值)→前瞻性验证;外部数据上调参只能算发现而非验证。7)样本量与事件数:Cox/Logistic 建议每个候选变量 10–20 个事件(按建模时全部候选变量计,而非 LASSO 之后),高维场景用惩罚、稳定性选择与 bootstrap 乐观校正。8)多组学整合:小样本默认后期整合(各层单独建模后堆叠或平均),样本量足够且关注共享生物学时用中期(MOFA、典型相关、核方法)或早期整合。9)临床效用:要求回答改变什么决策、阈值如何预设、相对全治/不治的净获益(决策曲线分析)、假阳/假阴的受害人群与可接受率。

使用方式与限制:该技能面向推理与方案审查,不执行具体流程。当用户声称“有效性”仅基于单一队列单一 AUC、询问交叉验证/指标/样本量、或问能否用于临床或监管时调用。不适合已进入指南的成熟标志物、CLIA/CAP 实验室验证、伴随诊断开发;涉及临床试验治疗选择、分析验证或伦理审查时应转交人类专家。输出建议首句给出直接建议或分类(≤3 句),结构为建议→依据→注意事项,200–400 词,内部决策树不对外复述。产品安装方式与收费信息暂未提供。