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radiomics-ml

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更新于 10-15 16:51

技能介绍

用途:针对放射组学或临床/表格特征表,使用经典机器学习方法构建可经统计审查的临床预测模型,或审计已有流程是否存在过度乐观问题。适合数百上千特征对应数十患者、无 GPU、单人可完成的研究场景。深度学习影像模型、经典推断统计、网络可解释性及重新实现 scikit-learn/xgboost/pyradiomics 均不在范围内。

主要能力:集成而非重写 scikit-learn、xgboost、pyradiomics,输出可复现的流水线,并检查以下失败模式——未使用嵌套交叉验证(调参与报告在同一折上);特征数远多于事件数;特征选择在折外进行造成泄漏;未做特征稳定性过滤(ICC/重测);未报告校准(斜率/截距与柔性曲线);缺少外部或时间验证;同一患者行分处训练与测试两侧。

使用方式:阶段一提取特征,放射组学用 pyradiomics 在 IBSI 对齐设置下提取并记录参数;表格数据组装含患者 ID 与结局的特征表。阶段二构建流程:先做特征稳定性过滤(ICC ≥ 0.75),再用嵌套交叉验证,折外估计性能、折内调参,特征选择与缩放均在各训练折内完成;以患者为交叉验证单位,使用 StratifiedGroupKFold(groups=patient_id),写出折表并用 check_split_leakage.py --splits cv_folds.csv --seed <seed> --strict 验证。在无结局信息下做降维,再按剩余候选特征数用 /calc-sample-size Test 12(pmsampsize)估算样本量;模型可从惩罚回归、SVM、k-NN、朴素贝叶斯、判别分析、树与装袋、提升、浅层神经网络、堆叠/投票集成中选取,并必须包含简单基线(如惩罚逻辑回归)。报告区分度、校准与临床效用(决策曲线),可用 SHAP 解释。阶段三输出流水线清单 JSON,字段包括 task、n_features、n_samples、n_events、cv_scheme、feature_selection_stage、dimensionality_reduction、feature_stability、calibration_reported、external_validation、model。阶段四运行 python3 scripts/check_radiomics_ml.py --manifest pipeline_manifest.json --strict 进行确定性审查。

限制:该技能只设计与审计流程,绝不在真实患者数据上运行模型,也不重新实现学习器。清单中的每个数值与报告指标必须来自研究者实际执行的代码,不得编造。样本量由 Test 12 而非门禁决定;门禁不评估同一患者跨折问题,需在阶段二自行检查。未提供具体收费、价格或平台信息。