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batch-cohort

数据与分析

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更新于 10-15 16:51

技能介绍

用途:当一项已验证的队列分析需要在多组暴露/结局配对间重复时,本技能从单一方法学模板为每个暴露×结局组合生成一份 R/Python 分析脚本,脚本之间只有变量不同。

输入:数据库路径(CSV/SAS,如 KNHANES、NHANES、NHIS 或任何已清洗队列);方法学模板(已验证脚本路径、模板名如 nhis_cohort/cross_national/survey_weighted,或源论文);组合规格(内联暴露/结局列表、含 exposure/outcome/subgroup_vars 列的 CSV,或 all 关键字生成全配对)。可选:协变量集、亚组变量、输出格式(code_only/execute/full)、cross_national 模式。

工作流:1)模板校验,识别槽位变量(EXPOSURE_VAR/LABEL/CODING、OUTCOME_VAR/LABEL/CODING)并确认调查设计;2)变量规格,查库映射变量,编码需含医生诊断,默认八协变量集并去除自调整变量,输出 combination_matrix.csv;3)批量代码生成,克隆模板、替换槽位、设置各自输出路径,生成主运行脚本 run_all.R/run_all.sh,并用代码质量门禁清除 MISSING_SEED、HARDCODED_DATA_LITERAL 等问题;4)批量执行(execute/full 模式),先做事件数检查(每参数≥10 事件),记录失败组合;5)汇总矩阵,生成 summary_matrix.csv、subgroup_matrix.csv、failed_runs.csv、热力图,并加入 Bonferroni/Holm 多重比较校正列。

输出结构:batch_{timestamp}/ 下含 README.md、combination_matrix.csv、template/、scripts/、results/、summary/、logs/。可复现性方面冻结模板版本并记录数据文件 SHA256。cross_national 模式为每组合生成两国配对脚本,汇总矩阵含 ratio-of-ORs 列。限制:变量映射不确定时写 [VERIFY:] 由用户确认,不猜测变量名或编码;汇总矩阵仅用于假设生成而非确认;引用需经 /search-lit-confirmed 核实 DOI/PMID。