SuperAPI AI 工具集

instrument-data-to-allotrope

数据与分析

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更新于 10-15 16:51

技能介绍

用途:把实验室仪器输出文件转换为标准化的 Allotrope Simple Model(ASM)JSON,或扁平化二维 CSV,便于 LIMS 上传、数据湖存储或交接数据工程团队。

主要能力:从文件内容自动或按用户指定识别仪器类型;优先用 allotropy 库原生解析,否则使用灵活回退解析;生成 ASM JSON、扁平 CSV 和可交接的 Python 解析代码;支持 Vi-CELL、NanoDrop、SoftMax Pro、QuantStudio 等仪器;区分原始数据与计算数据,计算值需通过 data-source-aggregate-document 保留可追溯性。

使用方式:先安装依赖 pip install allotropy pandas openpyxl pdfplumber --break-system-packages;核心调用 from allotropy.parser_factory import Vendor 与 from allotropy.to_allotrope import allotrope_from_file,例如 allotrope_from_file("instrument_data.csv", Vendor.BECKMAN_VI_CELL_BLU)。可用 scripts/validate_asm.py output.json 校验,--reference 对比参考文件,--strict 将警告视为错误。

适用场景:LIMS 导入、数据湖、长期归档、快速分析、Excel 用户、无 JSON 支持的系统,以及向数据工程师交付解析代码。

限制:回退解析不生成计算数据聚合文档,也不含完整可追溯性;PDF 需先用 pdfplumber 提取表格;字段映射不确定时应向用户确认;校验基于 2024 年 12 月 ASM 规范,未知技术、单位或样本角色仅产生警告。本技能为示例技能,可按组织修改 references/ 或扩展 scripts/。