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instrument-data-to-allotrope

数据与分析

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更新于 10-15 16:50

技能介绍

用途:把实验室仪器输出文件(PDF、CSV、Excel、TXT)转换为 Allotrope Simple Model(ASM)JSON,或扁平化二维 CSV,用于 LIMS 上传、数据湖存储,或交付数据工程团队。这是一个示例技能,演示 schema 转换、仪器输出解析与生产级代码生成。

主要能力:自动或指定识别仪器类型;优先用 allotropy 库原生解析,否则用灵活回退解析;输出 ASM JSON(含本体 URI 的完整语义结构)、扁平 CSV、可交付的独立 Python 解析脚本,并支持 ASM 校验。

使用方式:先安装依赖 pip install allotropy pandas openpyxl pdfplumber --break-system-packages;核心调用为 from allotropy.parser_factory import Vendor 与 from allotropy.to_allotrope import allotrope_from_file,再 allotrope_from_file("instrument_data.csv", Vendor.BECKMAN_VI_CELL_BLU)。校验示例:python scripts/validate_asm.py output.json,可加 --reference 或 --strict。导出解析代码示例:python scripts/export_parser.py --input "data.csv" --vendor "VI_CELL_BLU" --output "parser_script.py"。

限制:回退解析不生成 calculated-data-aggregate-document,也缺少完整溯源,仅产出简化 ASM;PDF 需先用 pdfplumber 提取表格。计算值须通过 data-source-aggregate-document 保留溯源,原始测量与计算数据要分开。校验基于 Allotrope ASM 规范(2024 年 12 月),未知技术、单位或样本角色仅告警,--strict 可转为错误。支持仪器清单、ASM schema 概述、字段分类指南等细节见 references/。具体支持仪器范围、许可证与收费信息暂未提供。