用途：scikit-bio 是面向生物数据分析的 Python 库，覆盖序列操作、序列比对、系统发育树、微生物生态与多元统计等任务。
主要能力：提供 DNA/RNA/Protein 序列类，支持反向互补、转录、翻译、正则基序查找与去简并；支持局部/多重序列比对（local_pairwise_align_ssw、TabularMSA）与一致性序列；可用 nj()、upgma()、bme() 构建进化树，并做子树提取、共同祖先、拓扑比较等；提供 alpha_diversity（Shannon、Simpson、Faith's PD）与 beta_diversity（Bray-Curtis、UniFrac）；支持 pcoa()、cca()、rda() 排序降维；提供 PERMANOVA、ANOSIM、Mantel 等统计检验；支持 BIOM 特征表、DistanceMatrix、ProteinEmbedding 及 pandas 转换。
使用方式：安装命令为 uv pip install scikit-bio。通过 skbio.DNA.read() 等读取序列，skbio.io.read/write 做格式转换，skbio.TreeNode.read 读取 Newick；多样性分析输入须为整数计数而非比例，并需与特征 ID 匹配的树。
适用场景：微生物组多样性研究、系统发育推断、序列处理与格式转换等。
限制：资料未提供完整 API 签名、参数细节与故障排查；部分功能（如大表建议用 BIOM HDF5、大系统发育树建议 BME）需参考具体版本与文档。