用途:通过程序化方式访问 RCSB PDB,检索、下载并分析实验测定的大分子结构及 AlphaFold、ModelArchive 计算模型。
主要能力:支持文本搜索、按属性过滤(来源生物、分辨率、实验方法、配体等)、序列相似性搜索(MMseqs2,最少 25 个残基)和三维折叠相似性搜索;可组合查询(& 与、| 或、~ 非)。可通过 REST API 获取条目、聚合物实体等元数据,或下载 PDB、mmCIF、Assembly、FASTA 文件,也可用 GraphQL 处理复杂查询。
使用方式:安装 pip install rcsb-api requests。搜索使用 rcsbapi.search 的 TextQuery、AttributeQuery、SeqSimilarityQuery、StructSimilarityQuery;元数据用 requests 访问 https://data.rcsb.org/rest/v1/core/entry/{pdb_id} 等端点;文件下载使用 https://files.rcsb.org/download/{ID}.cif 等 URL 模式。
适用场景:结构检索、相似性搜索、元数据获取、机器学习数据集构建、药物发现中配体结合结构筛选、按分辨率与精修质量过滤结构。
限制与注意:rcsb-api 的 data 模块功能有限,元数据建议直接用 REST API;请求需限速约 2-3 次/秒以避免 429;大结构应使用 mmCIF 而非 PDB 格式;条目可能被废弃导致 404;序列数据需查询聚合物实体端点。具体收费、价格与平台信息暂未提供。