alterlab-string-db

用途：通过 STRING REST API 检索已知与预测的蛋白质-蛋白质互作，用于系统生物学与通路分析。主要能力：获取单/多蛋白互作网络、功能富集（GO、KEGG、Pfam）、发现互作伙伴并扩展网络、检验功能模块显著性、生成基于证据着色的网络图、同源与蛋白家族分析、跨物种比较、识别枢纽蛋白。使用方式：技能提供 scripts/string_api.py 中的 Python 辅助函数及 references 下的操作、工作流与 API 参考文档。核心流程为先 string_map_ids() 映射标识符（如 9606.ENSP00000269305），再用 string_network()、string_interaction_partners()、string_network_image() 取网络或伙伴，用 string_ppi_enrichment()、string_enrichment() 检验与富集，用 string_homology() 做家族分析，用 string_version() 记录版本。关键参数：required_score 0-1000（150 低、400 默认、700 高、900 最严）；network_type 为 functional（默认）或 physical；物种用 NCBI taxon ID，超过 10 个蛋白必须指定。限制与注意：调用间约等待 1 秒，优先用 STRING ID，可通过 STRING_BASE_URL 固定版本以保证可复现，返回字符串含 "Error:" 前缀需处理；不适用于通路图、序列注释、自有网络图算法或结构域分类等场景。数据为 CC BY 4.0，需引用最新 STRING 文献并注明版本。