用途：该技能用于空间转录组/空间分辨组学分析，基于 squidpy 1.8.x，运行在 AnnData 与 SpatialData 对象上。它处理非空间 scRNA-seq 流程无法回答的问题：哪些细胞类型相邻（邻域富集）、细胞类型对随距离的共现、哪些基因在组织空间中变化（Moran's I 空间可变基因）、以及可能的配体-受体信号（ligrec）。非空间 QC/聚类交给 alterlab-scanpy，spot 解卷积交给 alterlab-scvi-tools。
主要能力：构建空间邻接图并运行邻域富集、共现、交互矩阵、Ripley 统计与中心性分数；用 Moran's I（spatial_autocorr）或 Sepal 找空间可变基因；空间背景下的配体-受体分析；识别空间生态位/组织域（calculate_niche_*：neighborhood profile、UTAG、CellCharter、SpatialLeiden）；读取平台输出到 AnnData/SpatialData 并选择正确的 coord_type。
关键决策：coord_type 必须匹配平台几何。Visium spot 用 coord_type="grid", n_neighs=6, n_rings=1..2；Visium HD 用 coord_type="grid"（方形网格）；Xenium/MERFISH/CosMx 单细胞用 coord_type="generic", delaunay=True（或 n_neighs=k）。coord_type=None 仅在 adata.uns 含 spatial 且 n_neighs=6 时自动选 grid，否则回退 generic，建议显式设置。delaunay=True 仅用于 generic；n_rings 仅用于 grid。1.8 也提供 spatial_neighbors_grid、_knn、_radius、_delaunay 等直接构建器。
使用方式：Visium 用 sq.read.visium；MERSCOPE/CosMx 用 sq.read.vizgen、sq.read.nanostring；Xenium 与 Visium HD 用 spatialdata-io 的 xenium、visium_hd、merscope 读入 SpatialData。标准流程：先由 alterlab-scanpy 完成 QC、标准化、HVG、PCA、邻居、Leiden、UMAP，再在此构建空间图并运行 sq.gr.nhood_enrichment、sq.gr.co_occurrence、sq.gr.spatial_autocorr、sq.gr.ligrec、sq.gr.calculate_niche_neighborhood 等，配合 sq.pl 可视化。辅助脚本 spatial_neighborhood.py 可按 --platform 选择 coord_type，一次运行核心统计并输出 JSON 摘要与更新后的 .h5ad。
适用场景与限制：适用于 Visium、Visium HD、Xenium、MERFISH/MERSCOPE、CosMx 等平台。不触发非空间 scRNA-seq QC/聚类、spot 解卷积、AnnData 对象操作、RNA 速率、bulk 差异表达、原始 FASTQ 定量、多样性统计等，这些分别路由到其他技能。Visium spot 为多细胞，做细胞类型级结论前需先解卷积。报告邻域富集时应给出置换背景下的 z 分数而非原始计数。具体收费、价格与效果资料未提供。