用途：scGPT（Cui 等，Nature Methods 2024；bowang-lab/scGPT）是在数千万细胞上预训练的 Transformer 基础模型，用于零样本与微调细胞类型注释、生成基因与细胞嵌入、批次整合，以及基因调控/扰动推断，全部作用于 AnnData（.h5ad）对象。它属于预训练 Transformer 路线，与 alterlab-scvi-tools（概率潜变量模型）、alterlab-scanpy（常规分析流程）互补。
主要能力：零样本细胞嵌入与注释，嵌入写入 adata.obsm["X_scGPT"]；生成细胞或基因嵌入供下游聚类、可视化或基因网络分析；用模型表示做批次/供体整合；零样本迁移到新数据集。
使用方式：示例调用为 from scgpt.tasks import embed_data，传入 model_dir、gene_col、batch_size、device 等参数。gene_col 必须指向 adata.var 中与检查点词表匹配的基因符号列（传 "index" 用 var_names），未命中词表的基因会被丢弃，需先检查存活基因数；未安装 flash-attn 时设 use_fast_transformer=False。检查点需从上游 README 的 Drive 链接手动下载，无 from_pretrained 下载器；whole-human 为默认选择，continual-pretrained 面向零样本细胞嵌入。
限制：最后版本 0.2.4（2025 年 3 月），依赖 scvi-tools<1.0、scanpy<2.0 及 torchtext，无法与当前 scverse 环境共存，需独立 venv 并以 .h5ad 交换数据。实际规模需 GPU，微调开销大，可通过 alterlab-remote-compute 提交。模型已一年多未更新，其基准应视为 2024 年快照，报告结果时注明检查点名称与日期，注释准确性需用标记基因证据核验。不适用于概率整合、常规 QC 流程、RNA 速度或蛋白质语言模型等场景。