SuperAPI AI 工具集

alterlab-rowan

编程与开发

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更新于 10-16 05:00

技能介绍

用途:在云端运行计算化学工作流,无需本地计算集群。通过 rowan-python 3.x(要求 Python >= 3.12)组织与批处理任务,结果可在 labs.rowansci.com 查看。

主要能力:性质预测(pKa、宏观 pKa、氧化还原电位、溶解度、ADMET-Tox);几何优化与构象搜索;蛋白-配体对接(Vina/GNINA,含批量对接);AI 共折叠(Chai-1、Boltz、OpenFold3 等)。可用方法涵盖 DFT、半经验(GFN1/2-xTB)与神经网络势(AIMNet2、Egret)。

安装与认证:uv pip install "rowan-python>=3.2";在 labs.rowansci.com/account/api-keys 生成密钥,可设 rowan.api_key,或推荐用环境变量 export ROWAN_API_KEY="your_api_key_here",导入时自动读取;rowan.whoami() 可校验并查积分。

用法要点:每个 submit_*_workflow 返回 Workflow,用 result = workflow.result() 阻塞取回类型化结果,失败或停止时抛 rowan.WorkflowError;workflow.status 是 stjames.Status 整数枚举,判断完成用 workflow.done()。3D 类工作流(basic_calculation、docking、默认 pKa 方法等)需先由 rowan.Molecule.from_smiles 生成带坐标的分子,传裸 SMILES 会抛 ValueError;SMILES 法(submit_macropka_workflow 及 pKa 的 starling/chemprop_nevolianis2025)仍接受字符串。对接的 pocket 为 [[中心三坐标],[盒子尺寸]]。可用文件夹组织任务、batch_submit_workflow 批量提交与 batch_poll_status 轮询、max_credits 限制花费。

限制:不适用于本地 OpenMM 轨迹分析、本地 DiffDock、本地 Boltz/Chai 或本地 RDKit 最小化;需云端账号与积分。具体收费、价格与完整参数未在资料中提供。