用途
RFdiffusion 是碱基于扩散模型的蛋白质骨架生成工具，生成全新的三维结构而非序列。它把结构生成作为 de-novo 设计流程的起点：先由 RFdiffusion 生成骨架，再由 alterlab-proteinmpnn 设计序列，最后用 alterlab-alphafold 验证。
适用情形：从零生成全新蛋白质骨架（无条件）；将功能基序（如结合环/催化几何）支架进新的折叠；针对给定目标蛋白表面/热点设计结合体骨架；构建对称寡聚体（环状/二面体）骨架。
不触发的情形（改用其他技能）：为已有骨架设计序列用 alterlab-proteinmpnn；在配体/金属存在下设计口袋序列用 alterlab-ligandmpnn；把已知序列折叠成结构用 alterlab-alphafold；生成式多模态（序列+结构）设计用 alterlab-esm。
主要能力
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无条件生成：用 contigmap.contigs 指定要构建的内容（例如 100 残基单体），输出不含序列的骨架 PDB，以及记录哪些输出残基来自基序的 .trb 元数据文件。contig 字符串需加引号，因为方括号与斜杠是 shell 元字符。
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基序支架：固定输入 PDB 中的功能基序，让模型在其周围构建支撑折叠，从而把结合/催化几何移植进新的稳定支架。contig 字符串混合生成长度与以“链+索引”命名的固定区间；仅 contig 中命名的残基会展示给模型，输入 PDB 中的其他链和残基被忽略，因此无需预先裁剪文件。
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结合体设计：提供目标结构与热点残基，生成对接在该表面上的结合体骨架。热点是结合体必须接触的目标残基。之后接序列设计（alterlab-proteinmpnn）与界面验证重折叠（alterlab-alphafold，读取 ipTM）。
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三个并存的代际（2026-09）：它们是各自独立的代码库，而非同一 CLI 的升级。RFdiffusion（1）在 RosettaCommons/RFdiffusion，通过 run_inference.py + Hydra 运行，覆盖单体、基序支架、结合体、对称，是本技能介绍的主力；RFdiffusion2 在 RosettaCommons/RFdiffusion2，有自己的推理 CLI，用于原子级酶活性位点支架（Ahern 等 2025），仅推理，上游标注仍在建设中；RFdiffusion3（RFD3）在 RosettaCommons/foundry，通过 pip install rc-foundry[rfd3]、foundry install rfd3、rfd3 design out_dir=… inputs=spec.json 运行，支持针对 DNA/配体的全原子设计、原子级热点，以 JSON/YAML 输入替代 contig 字符串。RFD3 用 JSON 或 YAML 输入规范取代了 Hydra/contig 接口，因此 RFdiffusion-1 的命令行不能直接套用；当设计目标涉及非蛋白原子或逐原子约束时选它，普通骨架生成仍用 RFdiffusion 1。
使用方式
从仓库根目录运行，RFD 指向存放 run_inference.py 的 scripts 目录。无条件生成示例：python "$RFD"/run_inference.py 'contigmap.contigs=[100-100]' inference.output_prefix=out/uncond inference.num_designs=10。基序支架示例：python "$RFD"/run_inference.py inference.input_pdb=motif.pdb 'contigmap.contigs=[5-15/A10-25/30-40]' contigmap.length=55-55 inference.output_prefix=out/scaffold inference.num_designs=10。结合体设计示例：python "$RFD"/run_inference.py inference.input_pdb=target.pdb 'contigmap.contigs=[B1-100/0 100-100]' 'ppi.hotspot_res=[A30,A33,A34]' inference.output_prefix=out/binder inference.num_designs=10。
完整的设计→折叠→打分循环：在 RFdiffusion 中生成骨架；用 alterlab-proteinmpnn（存在配体时用 alterlab-ligandmpnn）设计序列；用 alterlab-alphafold 重折叠打分，只保留自一致的设计；生成与折叠扫描为 GPU 密集任务，可通过 alterlab-remote-compute 调度。
资源
references/rfdiffusion_usage.md 涵盖安装/版本锁定、contig 语法、基序/结合体/对称配置与循环集成，按需加载。本技能属于 AlterLab Academic Skills 套件。