用途：面向系统生物学研究，查询 Reactome 免费开源人工审编通路数据库（含数千条人类通路），完成通路富集、基因/蛋白到通路映射、表达数据分析、疾病通路与分子互作检索。
主要能力：1) Content Service（https://reactome.org/ContentService）检索通路层级、实体（蛋白、反应、复合物）、参与分子、数据库版本与元数据；2) Analysis Service（https://reactome.org/AnalysisService）执行过表征分析、表达数据分析与跨物种比较；3) 用分析 token 在 Pathway Browser 中可视化结果。
使用方式：可直接发 HTTP 请求。例如取数据库版本：curl -s https://reactome.org/ContentService/data/database/version；查询实体：GET /data/query/{entity_id}；取通路参与分子：GET /data/participants/{id}/participatingPhysicalEntities（旧路径 /data/event/... 已返回 404）；基因映射：GET /data/mapping/UniProt/P04637/pathways?species=9606（支持 UniProt、Ensembl；基因符号可经 Analysis Service 自动识别）；按名称搜索：GET /search/query?query=glycolysis&species=Homo%20sapiens&types=Pathway。富集分析：POST https://reactome.org/AnalysisService/identifiers/，纯文本每行一个标识符；表达数据需 TSV，表头以 # 开头，首列为标识符，其后为数值，小数点用句点；跨物种映射用 /identifiers/projection/。返回 JSON 含 pathways、summary（token）、entities 及 pValue、FDR。token 有效期 7 天，可用 GET /token/{TOKEN} 取回，浏览器地址形如 https://reactome.org/PathwayBrowser/#{pathway_id}&DTAB=AN&ANALYSIS={token}。Python 客户端安装：uv pip install reactome2py；注意该包 3.0.0（2021-01）仍可用但不再积极维护，建议优先直接调用 REST API。随附脚本 scripts/reactome_query.py 支持 query、entities、search、analyze、version 子命令，仅依赖 requests，可用 uv run --with requests scripts/reactome_query.py ... 运行。
适用场景：基因/蛋白列表的通路富集、表达数据通路解释、通路与反应/互作详情查询、疾病机制探索、跨物种通路比较。
限制：Reactome 每季度发布一次，版本以 API 实时返回为准，勿硬编码统计值；该技能不覆盖 KEGG、蛋白互作网络（STRING）、基因组尺度代谢模型、RNA-seq 差异表达统计等任务，需改用相应工具；安装命令与包名保持不变。