用途:PyTDC 是面向药物发现的开源数据集与基准平台,提供 AI 就绪的数据集、标准化评估指标和有意义的划分,覆盖单实例预测(分子/蛋白性质)、多实例预测(DTI、DDI)和生成(分子生成、逆合成)三类任务。
主要能力:单实例任务含 ADME、Tox、HTS、QM、Yields、Epitope、Develop、CRISPROutcome;多实例含 DTI、DDI、PPI、GDA、DrugRes、DrugSyn、PeptideMHC、AntibodyAff、MTI、Catalyst、TrialOutcome;生成含 MolGen、RetroSyn、PairMolGen。提供 scaffold、random、cold_split、combination 等划分策略,Evaluator 支持 ROC-AUC、RMSE 等指标,另有 17+ 分子生成 oracle、格式转换与过滤等工具,以及 ADMET 等基准组(含 22 个数据集)。
使用方式:建议独立虚拟环境安装:uv venv --python 3.12;uv pip install PyTDC。基本用法:from tdc.single_pred import ADME; data = ADME(name='Caco2_Wang'); split = data.get_split(method='scaffold')。基准组用 group.get(name) 取 train_val/test,配合 group.get_train_valid_split 与 group.evaluate_many。
限制:PyTDC 1.1.15 固定较旧依赖栈(numpy<2、pandas<3、rdkit<2024.3.1、transformers<4.51、datasets<2.20),无法与新版 RDKit/numpy/pandas/transformers 共用环境;需导出 CSV/Parquet 到另一环境做特征化与训练。特征化与建模应改用 alterlab-deepchem 或 alterlab-molfeat,原始生物活性数据用 alterlab-chembl,结合亲和力用 alterlab-bindingdb,知识图谱查询用 alterlab-primekg。官方站点 https://tdcommons.ai,文档 https://tdc.readthedocs.io,GitHub https://github.com/mims-harvard/TDC。