用途：PyOpenMS 是 OpenMS 的 Python 绑定，用于计算质谱数据分析，覆盖蛋白质组学与代谢组学流程，如格式处理、谱图加工、特征检测、肽段/蛋白鉴定与定量。
主要能力：1) 文件 I/O 与格式转换，支持 mzML、mzXML、TraML、mzTab、FASTA、pepXML、protXML、mzIdentML、featureXML、consensusXML、idXML；2) 信号处理，含平滑、基线去除、峰提取/质心化与归一化；3) 特征检测与无标记定量，可跨谱图与样本链接特征；4) 肽段与蛋白鉴定，支持 Comet、Mascot、MSGFPlus、XTandem、OMSSA、Myrimatch 等引擎，并用 PeptideIndexer 与 FalseDiscoveryRate 做 target-decoy FDR 控制；5) 非靶向代谢组学预处理与化合物数据库注释。
使用方式：安装命令 uv pip install "pyopenms>=3.4"，可导入 pyopenms 查看版本。核心对象包括 MSExperiment、MSSpectrum、MSChromatogram、Feature、FeatureMap、PeptideIdentification、ProteinIdentification。算法多通过 Param 对象配置。数据可经 get_df 导出为 pandas DataFrame，并与 NumPy、scikit-learn、Matplotlib/Seaborn 及 rpy2 配合。注意 3.x 移除旧 FeatureFinder 门面，特征检测应使用 FeatureFinderAlgorithmPicked，代谢组学使用 MassTraceDetection→ElutionPeakDetection→FeatureFindingMetabo 链。
限制：资料未提供收费、价格或平台信息。若需小分子 MS/MS 库匹配、化学信息学、统计检验、序列结构分析或 RNA-seq 定量，应改用相应其他工具。参考文献模块：file_io.md、signal_processing.md、feature_detection.md、identification.md、metabolomics.md、data_structures.md。