SuperAPI AI 工具集

alterlab-pymatgen

数据与分析

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:面向材料科学的 Python 工具技能,基于 pymatgen 库(Materials Project 的底层库),用于晶体结构与分子的创建、分析与操作,以及材料计算工作流搭建。

主要能力:结构创建与变换(超胞、取代、原胞);文件格式转换(CIF、POSCAR、XYZ 等 100+ 格式);对称性、空间群与配位环境分析;相图与热力学稳定性(能量高于凸包、分解);电子结构分析(能带、DOS、带隙、金属性);表面与界面生成(SlabGenerator、WulffShape、AdsorbateSiteFinder);Materials Project 数据库检索;VASP、Gaussian、Quantum ESPRESSO 等计算输入集设置;XRD、弹性张量、磁序等高级分析。

使用方式:安装命令为 uv pip install pymatgen(核心,需 Python ≥ 3.11)、uv pip install pymatgen mp-api(含 Materials Project API)、uv pip install "pymatgen[optional]"、uv pip install "pymatgen[vis]"。访问 Materials Project 需设置 export MP_API_KEY="your_api_key_here"。核心用法如 Structure.from_file("POSCAR") 自动识别格式,struct.to(filename="structure.cif") 写出任意格式。附带脚本:structure_converter.py、structure_analyzer.py、phase_diagram_generator.py,均支持 --help。

适用场景:材料科学中的晶体/分子体系处理、格式转换、对称性分析、相图与稳定性评估、电子结构分析、表面与界面研究、高通量计算工作流。

限制与注意:不适用于小有机分子的 SMILES/指纹/子结构搜索(用 alterlab-rdkit)、云端量子化学服务(alterlab-rowan)、蛋白质或配体的经典分子动力学(alterlab-molecular-dynamics)、变分量子电路(alterlab-pennylane)。单位约定为长度 Å、能量 eV、角度度、磁矩 μB、时间 fs。常见问题:导入错误可安装 "pymatgen[optional,vis]"(无 [analysis] extra);结构读取失败可显式指定格式;对称性分析失败可增大 symprec。自 2026 年起 pymatgen 为 pymatgen-core 之上的薄包,导入路径不变;Materials Project API 应使用 mp-api 包而非旧版 pymatgen.ext.matproj。