用途:面向生物医学与生命科学文献,提供对 PubMed(MEDLINE)的检索与数据获取能力,适合系统综述、meta 分析、文献监测与数据抽取等场景。
主要能力:支持布尔运算符、字段标签、MeSH 主题词与副主题词、邻近检索、通配符等高级查询构造;可按出版类型(如 systematic review[pt]、randomized controlled trial[pt])、日期范围(2020:2024[dp])、语言与免费全文等过滤;支持按 PMID、DOI、PMC ID 及部分引文信息匹配文章;可通过 ELink 查找相关文章与出版商全文链接;可用 EFetch 以 MEDLINE/.nbib 格式导出,供 Zotero、Mendeley、EndNote 等引文管理器使用。
使用方式:附带脚本 scripts/query_pubmed.py,基于 NCBI E-utilities(ESearch/ESummary/EFetch,仅用标准库,JSON 输出到 stdout): python scripts/query_pubmed.py search "crispr[tiab] AND 2024[dp]" --retmax 20 python scripts/query_pubmed.py summary 39726939 39492484 python scripts/query_pubmed.py fetch 39726939 设置 NCBI_API_KEY 或使用 --api-key 可提升至 10 请求/秒。也可直接调用 REST 端点(esearch/efetch/esummary/epost/elink 等)。references/ 目录提供 api_reference.md、search_syntax.md、common_queries.md 三份参考文件,按需查阅。
限制:仅覆盖同行评审的生物医学文献,不含预印本与临床试验注册记录(NCT);1975 年前文章常缺摘要,2002 年起才有完整作者名;ESearch 最多返回前 9999 条记录,超出需按日期窗口拆分或使用 EDirect;PubMed 只提供引文与摘要,不含全文,全文获取取决于出版商、开放获取或机构订阅;无 API key 时限 3 请求/秒,需设置 User-Agent 并对 HTTP 429 做退避重试。