用途:访问 RCSB PDB,检索经实验测定的生物大分子三维结构(X 射线、冷冻电镜、NMR),获取坐标与元数据,并支持序列与结构相似性搜索。
主要能力:文本检索、属性检索(如物种、分辨率、实验方法)、序列相似性检索、结构相似性检索,以及用逻辑运算符组合查询;获取条目级与聚合物实体级数据;下载 PDB、mmCIF、BinaryCIF 格式坐标文件及生物组装文件;支持批量处理多个结构。
使用方式:附带脚本 scripts/query_pdb.py 仅依赖标准库,例如: python scripts/query_pdb.py search hemoglobin --rows 25 python scripts/query_pdb.py entry 4HHB python scripts/query_pdb.py download 4HHB --format cif 也可安装官方 Python 客户端:uv pip install "rcsb-api>=1.7",通过 rcsbapi.search 与 rcsbapi.data 模块使用 Search 与 Data API。
适用场景:药物发现中的靶点结构检索与配体结合位点分析、蛋白质工程中的同源结构建模、结构生物学研究中的坐标下载与比对、教学与分子可视化。
限制:仅覆盖实验测定结构;AI 预测结构应改用 alterlab-alphafold-db,序列与功能注释用 alterlab-uniprot,结构域分类用 alterlab-interpro,复合物预测用 alterlab-boltz,配体对接用 alterlab-diffdock。具体收费、价格与平台信息暂未提供。