用途:该技能面向 OMERO 平台上的显微图像与元数据管理,通过 omero-py 的 BlitzGateway 以编程方式访问图像、数据集、项目及高内涵筛选数据,并进行分析、注释与批处理。
主要能力:涵盖八个方面——连接与会话管理(凭据、会话 ID、组上下文、上下文管理器);数据访问与检索(Project→Dataset→Image 层级及 Screen→Plate→Well 筛选数据、按属性查询);元数据与注释(标签、键值对、附件、评论);图像处理与渲染(以 NumPy 数组读取像素、缩略图、最大强度投影、通道渲染设置);ROI(矩形、椭圆、多边形、掩膜、点、线及强度统计);OMERO 表格(结构化测量数据存储与查询);脚本与批处理(服务端 OMERO.scripts);高级功能(权限、filesets、跨组查询、删除)。
使用方式:先安装对应 Python 版本与操作系统的 ZeroC Ice 3.6 预编译 wheel,再安装 omero-py: uv pip install /path/to/zeroc_ice-3.6.5-<python>-<platform>.whl uv pip install omero-py 要求 Python 3.10+ 与 NumPy 2,omero-py 固定 zeroc-ice>=3.6.5,<3.7,不支持 Ice 3.7/3.8;需可访问的 OMERO 服务器(主机、端口、凭据),使用 omero CLI 时设置 OMERODIR。基本用法为用 BlitzGateway 建立连接、执行操作后关闭连接,推荐使用 with 上下文管理器;操作应包裹 try-except 并确保连接关闭。
适用场景:显微与高内涵筛选工作流中的图像检索、像素分析、ROI 分析、注释管理、结果表格存储及服务端批量处理脚本。
限制:不适用于从 NCI Imaging Data Commons 下载公开 DICOM、本地全切片图像平铺预处理、端到端计算病理模型、临床 DICOM 读取或匿名化,这些场景应使用其他技能。OMERO 采用基于组的权限(READ-ONLY、READ-ANNOTATE、READ-WRITE)。