用途：该技能用于运行和分析分子动力学（MD）模拟，覆盖体系搭建、力场分配、能量最小化、平衡与生产模拟，以及轨迹分析。适用蛋白质稳定性、药物结合、构象采样、蛋白-蛋白相互作用、膜蛋白与无序蛋白等研究。
主要能力：OpenMM 提供 GPU 加速的 MD 引擎与 Python API；MDAnalysis 读取、写入并分析主流模拟软件轨迹。可计算 RMSD、RMSF、蛋白-配体接触，支持 PDBFixer 修复 PDB，OpenFF Toolkit 生成小分子参数。
使用方式：安装可用 uv add openmm "mdanalysis>=2.10" pdbfixer，或 conda install -c conda-forge openmm mdanalysis pdbfixer nglview。典型流程为 PDBFixer 清理结构、Modeller 加氢与溶剂化、createSystem 建系、minimizeEnergy 最小化、NVT 与 NPT 平衡后生产模拟，再用 MDAnalysis 分析。
限制：Apple Silicon 无 CUDA，回退 CPU 或 OpenCL/Metal；OpenFF 力场文件为 conda 专用，仅 pip/uv 安装无法加载 Sage 力场；GAFF2 需用 AmberTools antechamber/ACPYPE。分析前应丢弃平衡段轨迹，生产模拟建议保存检查点。具体收费与平台支持暂未提供。