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alterlab-metabolomics-wb

编程与开发

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:通过 Metabolomics Workbench REST API 查询代谢物结构、研究数据、标准化命名、质谱搜索及基因/蛋白-代谢物关联。

主要能力:compound 上下文按 PubChem CID、InChI Key、KEGG、HMDB 等标识符取化合物信息,下载 MOL/PNG 结构;study 上下文按代谢物、机构、研究者或标题检索研究,获取摘要、实验因素、分析细节与 mwTab 数据;refmet 上下文将常用名匹配为 RefMet 标准名,支持按分子式、精确质量、InChI Key 查询及四级分类;moverz 按 m/z 与加合物(M+H、M-H、M+Na 等)和容差搜索;metstat 按分析方法(LCMS/GCMS/NMR)、极性、色谱类型、物种、样本来源、疾病等分号分隔过滤;gene/protein 上下文查询基因与蛋白。

使用方式:脚本 scripts/query_metabolomics_wb.py(仅标准库,输出 JSON),例如 python scripts/query_metabolomics_wb.py refmet citrate、python scripts/query_metabolomics_wb.py study ST000001、python scripts/query_metabolomics_wb.py moverz 635.52 --adduct M+H。也可直接请求 REST 端点,URL 末尾加 /json 或 /txt。

限制与注意:/json 并非总返回 JSON,moverz 与 study 摘要/搜索返回制表符文本;moverz 会 302 重定向到内部 .php,curl 需加 -L;列出可用研究须用 study/study_id/ST/available/txt,/json 返回空;refmet/match 返回字段为 refmet_name;按 refmet_name 检索研究使用索引名,可能与 match 输出不同,空结果常为名称索引不匹配。不适用场景:人类代谢物参考生物学用 alterlab-hmdb,通用化合物属性用 alterlab-pubchem,通路映射用 alterlab-kegg,原始 LC-MS/MS 处理用 alterlab-pyopenms,MS/MS 谱图相似度打分用 alterlab-matchms。详细端点见 references/api_reference.md。