SuperAPI AI 工具集

alterlab-latchbio

部署与运维

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:在 LatchBio 平台上以 Python 编写并部署无服务器生物信息学流水线,基于 Flyte,支持原生 Python、Nextflow 与 Snakemake 流程,自动容器化并生成无代码界面。

主要能力:用 @workflow/@task 装饰器定义工作流;用 LatchFile/LatchDir 管理云端数据,Registry(Projects→Tables→Records)组织结构化数据;预置任务装饰器(@small_task、@large_task、@small_gpu_task、@large_gpu_task 等)及自定义 CPU/内存/GPU/存储配置;可从 latch.verified 导入 rnaseq、deseq2_wf、mafft、trim_galore、gene_ontology_pathway_analysis 等已验证流程。

使用方式:安装 uv pip install latch(或 pip install latch),执行 latch login 登录,latch init my-workflow 初始化,latch register my-workflow 注册并构建容器、生成界面。需 Docker 运行、Latch 账号、Python 3.9+。

适用场景:RNA-seq 等分析流水线开发与部署、GPU 加速任务、Registry 样本追踪、资源与成本优化。

限制:注册需本地 Docker;具体收费、价格与平台细节资料未提供;部分已验证流程的导入名需在 latch.verified 中确认。