SuperAPI AI 工具集

alterlab-kegg

数据与分析

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更新于 10-15 19:56

技能介绍

用途:该技能用于查询 KEGG 的 REST API,覆盖通路、基因、化合物、酶、疾病和药物,可跨多个物种查询。KEGG API 仅限学术用户学术使用;非学术用途需通过 Pathway Solutions 获取商业许可。KEGG 要求客户端调用不超过每秒 3 次,超限会被封禁,scripts/kegg_api.py 中的辅助函数已做限流。

主要能力:技能提供 Python 辅助函数(scripts/kegg_api.py)和参考文档(references/kegg_reference.md)。核心操作包括:kegg_info 获取数据库元数据与统计;kegg_list 列出条目标识与名称;kegg_find 按关键词或分子属性搜索;kegg_get 获取完整条目或指定格式;kegg_conv 在 KEGG 与外部数据库间转换标识;kegg_link 查找数据库内外的关联条目;kegg_ddi 检查药物相互作用。

使用方式:从 scripts.kegg_api 导入相应函数调用,例如 kegg_info('pathway')、kegg_list('pathway','hsa')、kegg_find('genes','p53')、kegg_get('hsa00010')、kegg_conv('uniprot','hsa:10458')、kegg_link('pathway','hsa')、kegg_ddi('D00001')。输出格式支持 aaseq、ntseq、mol/kcf、image、image2x、kgml、conf、json。

适用场景:基因到通路映射、通路富集分析、化合物到通路分析、跨数据库整合、跨物种通路比较。相关但不触发的场景包括蛋白互作与 STRING 富集、UniProt 序列与功能注释、Reactome、BioServices、HMDB。

限制:每次操作最多 10 个条目,image/image2x/kgml 仅支持单条目;建议用批量调用替代逐条循环。需检查 HTTP 状态码 200、400、404。json 仅适用于 BRITE 层级,对通路使用 json 会返回 400;通路结构应使用 kgml。其他平台、收费和使用步骤资料暂未提供。