用途：该技能面向转录因子结合位点（TFBS）分析，依托 JASPAR（https://jaspar.elixir.no/）这一开放获取的转录因子结合谱数据库。适用任务包括：预测 DNA 序列中的 TF 结合位点、判断 GWAS/eQTL 变异是否破坏 TF 结合基序、分析启动子/增强子可能结合的 TF、构建基因调控网络、比较同一 TF 家族的结合谱、在 ChIP-seq 峰中寻找富集基序，以及将 ATAC-seq 开放染色质区域与 TF 结合谱匹配。
主要能力：通过 JASPAR REST API（https://jaspar.elixir.no/api/v1/，文档 https://jaspar.elixir.no/api/v1/docs/）检索矩阵；支持按 TF 名称、物种（NCBI taxonomy ID，须用 tax_id 参数而非 species）、tf_class、tf_family、collection 与分页查询；可获取单个矩阵（如 MA0139.1 对应 CTCF），并从 PFM 转换为 PWM；提供脚本 scripts/query_jaspar.py 查询（仅用标准库，输出 JSON），示例命令：python scripts/query_jaspar.py search --name CTCF --species 9606、python scripts/query_jaspar.py matrix MA0139.1。搜索默认 version=latest，加 --all-versions 可含历史版本。
使用方式：用 REST 请求或 Biopython 的 Bio.motifs.jaspar 模块访问（无独立 jaspar PyPI 包）。典型流程为：检索矩阵 → PFM 加伪计数并归一化 → 转 log-odds PWM → 扫描序列（正负链）→ 对变异比较 ref/alt 序列的最大得分，判断结合被获得或破坏。
限制与注意：CORE 为经实验验证的非冗余集合，建议优先使用；UNVALIDATED 验证不足。JASPAR 2026 的深度学习（DL）集（BPNet 模型）仅在网站提供，不在 /api/v1/matrix/ 中暴露；旧集合（PHYLOFACTS、CNE、POLII、FAM、SPLICE）在当前 API 返回 0 结果。tf_class/tf_family 字符串须与 TFClass 完全匹配（如应为 "Homeo domain factors"）。基序扫描假阳性较多，建议阈值取最大得分的 80%（高置信用 90%），始终扫描双链，变异分析需保留足够侧翼序列，并结合 ChIP-seq 交叉验证；PWM 基于 0.25 均匀背景，实际 GC 含量不同时需调整。各集合的具体数量与其他平台、收费信息暂未提供。